شكل وصول بني أمية إلى سدة الحكم بعد مقتل الإمام علي نقطة انطلاق تنظيم الشيعة العلويين وتحلقهم حول ذرية الإمام من السيدة فاطمة الزهراء، الحسن والحسين. كما أعطى مقتل الإمام الحسين شحنة جديدة زادت من تكتلهم ومن تقوية صفوفهم وذلك حتى نهاية الحكم الأموي.
لم يتغير وضع الشيعة كثير بعد وصول أبناء أعمامهم العباسيون إلى الحكم مما زاد شعورهم بالإحباط والكبت. وفي عهد الخليفة المنصور ظهرت عدة فرق في صفوف الشيعة لعل أهمها وأكثرها تنظيما سواء من ناحية العقدية أو سياسة أتباع إسماعيل بن جعفر الصادق. بوفاة إسماعيل بن جعفر بدأت فترة الأئمة المستورين الذين لم يكن لهم مشاركة في الحياة السياسية وهم: الوافي أحمد والتقي محمد والزكي عبد الله والتي انتهت بظهور المهدي عبد الله والمعروف أكثر باسم عبيد الله المهدي.
استطاع عبد الله الشيعي في غضون 7 سنوات الاستيلاء على أغلب مناطق شمال إفريقيا وذلك بمساعدة بعض القبائل البربرية التي استجابت إلى دعوته واعتنقت المذهب الإسماعيلي. وبعد انتصارهم على الجيش الأغلبي دخل عبيد الله رقادة يوم الخميس 20 ربيع الثاني سنة 296 هـ/6 جانفي 909 م والتي كان زيادة الله الثالث قد تخلى عنها. دام حكم الفاطميين في تونس 64 عاما عرفت فيها البلاد ازدهارا كبيرا. عام 969 تمكن الفاطميون من فتح مصر لينقلوا إليها عاصمتهم عام 973

أولاً: أن تسمية تلك الدولة بالفاطمية تسميةٌ كاذبة:

 أراد بها أصحابها خداع المسلمين بالتسمي باسم بنت رسول الله صلى الله عليه وسلم . وقد بين العلماء والمؤرخون في ذلك الزمان كذب تلك الدعوة وأن مؤسسها أصله مجوسي يدعى سعيد بن الحسين بن أحمد بن عبد الله بن ميمون القداح ابن ديصان الدنوي الأهوادي ، وسعيدٌ هذا تسمى بعبيد الله عندما أراد إظهار دعوته ونشرها ولقب نفسه بالمهدي . فالنسبة الصحيحة لدولته أن يقال: العبيدية . كما ذكر ذلك جملةٌ من العلماء المحققين ، ويظهر من نسب مؤسسها الذي ذكر آنفاً أن انتسابهم إلى آل البيت كذب وزور ، وإنما أظهروا ذلك الانتساب لاستمالة قلوب الناس إليهم .
قال العلاّمة ابن خلكان في وفيات الأعيان: والجمهور على عدم صحة نسبهم وأنهم كذبة أدعياء لا حظ لهم في النسبة المحمدية أصلاً . وقال الذهبي في العبر في خبر من غبر: المهدي عبيد الله والد الخلفاء الباطنية العبيدية الفاطمية افترى أنه من ولد جعفر الصادق . وقد ذكر غيرهما من المؤرخين أنه في ربيع الآخر من عام أربعمائة واثنين للهجرة كتب جماعةٌ من العلماء والقضاة والأشراف والعدول والمحدثين وشهدوا جميعاً بأن الحاكم بمصر وهو منصور الذي يرجع نسبه إلى سعيد مؤسس الدولة العبيدية لا نسب لهم في ولد علي بن أبي طالب ، وأن الذي ادعوه إليه باطلٌ وزور ، وأنهم لا يعلمون أحداً من بيوتات علي بن أبي طالب رضي الله عنه توقف عن إطلاق القول في أنهم خوارج كذبة وأن هذا –أي الحاكم بأمره الذي يزعم أنه فاطميٌ- هو وسلفه كفّارٌ فسّاقٌ فجارٌ ملحدون وزنادقة معطلون للإسلام جاحدون ولمذهب المجوسية والثنوية معتقدون . قد عطلوا الحدود وأباحوا الفروج وأحلوا الخمرة وسفكوا الدماء وسبوا الأنبياء ولعنوا السلف وادعوا الربوبية وكُتب هذا سنة اثنتين وأربعمائة . وقد ذكر ابن كثيرٍ رحمه الله في كتاب البداية والنهاية بعد أن نقل هذا : وقد كتب خطه في المحضر خلقٌ كثير .

 وهذه الدعوة أظهروها حيلةً نزعوا إليها استغلالاً لعواطف المسلمين لعلمهم بمحبة أهل الإسلام لرسول الله صلى الله عليه وسلم وآل بيته . وقال النويري : وحكى الشريف وأبو الحسين محمد بن علي المعروف بأخي محسن في كتابه أن عبد الله بن ميمون كان قد سكن بسباط أبي نوح وكان يتستّر بالعلم ، فلما ظهر أمره وما كان يضمره ويستره من التعطيل والإباحة والمكر والخديعة ثار عليه الناس .

ثالثاً: أن حال تلك الدولة العبيدية الفاطمية أنهم يظهرون الرفض ويبطنون الكفر المحض:
قال الباقلاني رحمه الله عن القداح جد عبيد الله : وكان باطنياً خبيثاً حريصاً على إزالة ملة الإسلام ، أعدم العلماء والفقهاء ليتمكن من إغواء الخلق ، وجاء أولاده على أسلوبه : أباحوا الخمور والفروج وأفسدوا عقائد الخلق . وقال أبو الحسن القابسي صاحب الملخص الذي قتله عبيد الله : وبنوه بعده أربعة آلاف رجل في دار النحر في العذاب ما بين عالمٍ وعابد ليردّهم عن الترضي عن الصحابة فاختاروا الموت . يعني أن هؤلاء العبيديين قد نحروا أربعة آلافٍ من المسلمين الموحدين ما بين عالمٍ وعابد من أجل أنهم يترضون عن الصحابة رضوان الله عليهم .
وقال السيوطي في تاريخ الخلفاء : ومن جملة  ذلك ابتداء الدولة العبيدية وناهيك بهم إفساداً وكفراً وقتلاً للعلماء والصلحاء . وقال الشاطبي المالكي في كتاب الاعتصام : العبيدية الذين ملكوا مصر وأفريقية زعمت أن الأحكام الشرعية إنما هي خاصة بالعوام وأن الخواص منهم قد ترقوا عن تلك المرتبة ، فالنساء بإطلاق حلالٌ لهم ، كما أن جميع ما في الكون من رطبٍ ويابس حلالٌ لهم أيضاً مستدلين على ذلك بخرافات عجائز لا يرضاها ذو عقل .

رابعاً : موقف العلماء من تلك الحقبة:
 كان العلماء يظهرون الشناعة على العبيديين وعلى أفعالهم المشينة . وقد تقدم ذكر عدد منهم . وقال السويطي في تاريخه : ولم أورد أحداً من الخلفاء العبيديين لأن خلافتهم غير صحيحة ، وذكر أن جدهم مجوسي وإنما سماهم بالفاطميين جهلة العوام .

خامساً: إن مما يتبين لكل أحد بعد الاطلاع على أقوال العلماء والمؤرخين أن هذه الدولة الفاطمية كان لها من الضرر والإضرار بالمسلمين ما يكفي في دفع كل من يرفع لواءها ويدعو بدعوتها: لذلك نجد أن المسلمين في الماضي فرحوا بزوالها على يد الملك الصالح صلاح الدين الأيوبي رحمه الله في عام خمسمائة وسبع وستين . فلا يجوز بعد هذا كله أن ندعو الناس إلى الانتساب إلى تلك الدولة العبيديّة الضالة . ومثل هذه الدعوة غشٌّ وخيانة للإسلام وأهله . ونصيحتنا لأهل المسلمين وعامتهم بالاعتصام بالكتاب والسنة وجمع القلوب عليهما . وفّق الله الجميع لما يحبه ويرضاه

لما انتقل الفاطميون إلى مصر ولوا على إفريقية أميرا من أصل أمازيغي يدعى بلكين بن زيري بن مناذ الصنهاجي. إستطاع بلكين القضاء على الفتن والثورات القبائلية المجاورة على حدود البلاد مما مكنه من تعزيز حكمه والإحتفاظ بالأراضي الشاسعة التي ورثها عن الفاطميين. في بداية القرن الحادي العشر خرج والي أشير حماد بن بلكين عن سلطة الصنهاجيين مما أدخل الطرفين في حرب طاحنة دامت عدة سنوات. فقد الصنهاجيون شيئا فشيئا جزءا كبيرا من المغرب الأوسط (الجزائر) لتقتصر في النهاية رقعة دولتهم أساسا على تونس وصقلية.
شهدت البلاد في عهد الصنهاجيين نهضة عمرانية وثقافية واقتصادية كبيرة، فإزدهرت الزراعة في أنحاء البلاد بفضل انتشار وسائل الري، ووقع تشييد العديد من القصور والمكتبات والأسوار والحصون، فيما أصبحت عاصمتهم القيروان مركزا هاما للعلم والأدب.
عام 1045 أعلن الملك الصنهاجي المعز بن باديس خروجه عن الخلافة الفاطمية في القاهرة وانحيازه إلى الخلافة العباسية في بغداد. قامت قيامة الخليفة الفاطمي المستنصر بالله الذي أذن، بإيعاز من وزيره أبو محمد الحسن اليازوري، للقبائل البدوية المتمركزة في الصعيد بالزحف نحو تونس. أدى زحف القبائل البدوية (أساسا بنو هلال وبنو سليم) إلى تمزيق أوصال الدولة الصنهاجية وإلى خراب عاصمتهم بعد تعرضها للسلب والنهب.
بعد الغزو الهلالي أصبحت البلاد مقسمة بين عدة دويلات أهمها إمارة بنو خرسان في مدينة تونس والوطن القبلي، ومملكة بنو الورد وعاصمتها بنزرت، ومملكة بنو الرند وعاصمتها قفصة فيما حافظ الصنهاجيون على منطقة الساحل وإتخذوا من المهدية عاصمة لهم.

عام 1060 إنتهز النورمان إنهيار الدولة الصنهاجية ليستولوا على صقلية لتصبح البلاد عرضة لغاراتهم. في عام 1135 تمكن روجيه الثاني من احتلال جزيرة جربة تبعها عام 1148 احتلال المهدية، سوسة، وصفاقس. إستنجد الملك الحسن بن علي الصنهاجي بعبد المؤمن بن علي مؤسس الدولة الموحدية في المغرب لطرد الغزاة. إستطاع الموحدون في السنوات التالية إسترجاع كامل الأراضي التونسية من النورمان ليصبحوا مسيطرين على معظم أجزاء المغرب الكبير وجزء من الأندلس.

عام 1207 ولى الموحدون على إفريقية أحد أتباعهم وهو أبو محمد بن عبد الواحد بن أبي حفص ابن الشيخ عبد الواحد بن أبي حفص الذي رافق محمد بن تومرت أثناء دعوته. عام 1228 تمكن أبو زكريا يحيى بن حفص من الإنفراد بالمنصب لصالحه وأعلن منذ ديسمبر 1229 استقلاله عن الموحدين. إتخذ أبو زكريا مدينة تونس عاصمة له وإتخذ لنفسه لقب السلطان. عام 1249 خلف أبو أبو زكريا إبنه عبد الله محمد المستنصر الذي أعلن نفسه خليفة للمسلمين عام 1255. تعرضت البلاد عام 1270 إلى غزوة صليبية قادها لويس التاسع ضمن الحملة الصليبية الثامنة. شهدت الدولة بعد وفاة المستنصر عام 1277 عدة صراعات خلافة تخللتها عدة ثورات لقبائل جنوب البلاد، ولم تسترجع الدولة وحدتها إلا في عهد أبو يحي أبو بكر. إسترجعت الدولة سالف مجدها في عهد أبو العباس أحمد وأبو فارس عبد العزيز الذان شهدت البلاد في عهدتها ازدهار التجارة والملاحة. دخلت الدولة في أواخر القرن الخامس عشر حالة من الركود تخللتها حروب خلافة وأصبحت منذ 1510 عرضة لغارات الإسبان.

دخلت الدولة الحفصية سنة 1535 في صراع خلافة بين السلطان أبو عبد الله محمد الحسن وأخيه الأصغر رشيد. طلب الأخير العون من العثمانيين الذين تمكنوا من الإستيلاء على العاصمة بقيادة خير الدين بارباروسا (دون إرجاع رشيد على العرش). إستنجد أبو عبد الله محمد الحسن بشارل الخامس، ملك إسبانيا الذي جهز جيشا قوامه 33،000 رجل و400 سفينة بالتحافل مع الدول البابوية، جمهورية جنوة ونظام فرسان مالطا. تمكن الإسبان من القيام بإنزال شمالي العاصمة في 16 يونيو، ثم بالإستيلاء على ميناء حلق الوادي، ثم تمكنوا من دخول العاصمة في 21 يوليو. أعيد تنصيب السلطان حسن على العرش لكنه أجبر على المصادقة على معاهدة تضع البلاد عمليا تحت الحماية الإسبانية. استمر في السنوات التالية الصراع بين الإسبان وحلفاءهم والعثمانيين. تمكن العثمانيون في النهاية سنة 1574، من طرد الإسبان نهائيا بعد الإنتصار عليهم في معركة تونس.

تجربة الحكم المباشر 1574 - 1594
انطلقت منذ 1574 تاريخ انطلاق فترة الغلبة التركية حيث حول الموفد العثماني سنان باشا تونس إلى إيالة خاضعة لمركز الإمبراطورية العثمانية وعادت السلطة العليا إلى الباشا الذي يمثل السلطان مع الاستعانة بسامي ضباط الجيش الانكشاري الذين شكلوا مجلس الديوان والقاضي أفندي الحنفي الذي تولى النظر في المسائل القضائية والدينية وقد طبع هذا النظام بسمة عسكرية طاغية نظرا لموقع البلاد المجاور للقوى النصرانية الأوربية ولم يفرض الباب العالي إتاوات مالية منتظمة على غرار الايالات المشرقية وقد كان لإسراف المستفيدين من هذا الأسلوب العثماني المباشر في ممارسة الحكم وتعويلهم على تواطؤ أعوان الإدارة المركزية بالآستانة معهم في عمليات نهب ثروات البلاد دورا حاسما في دخول العناصر السفلى من ضباط الوجق الانكشاري أي الدايات في حركة تمرد سنة 1591 استهدفت تصفية كبار الضباط أو البلكباشية وإرساء حكم عسكري جماعي لم يعمر سوى بضع سنوات انفرد على إثره عثمان داي بالسلطة بعد ان تعهد بلعب حلقة الوصل بين الأتراك ومصالح أصحاب البلاد .

عهد الدايات
نجح عثمان داي 1594- 1910 الذي استفاد من ثقة الانكشارية واتساع ثروته المتأتية من إسهامه في التجهيز للقرصنة في الانفراد بالحكم وسن القوانين وحصن البلاد ونشط الحياة الاقتصادية بالمدن والأرياف مشجعا وفود المماليك والمهاجرين الموريسكسسن أي مهاجروا الأندلس وقد تواصل هذا الرخاء النسبي مع خلفائه المباشرين طيلة النصف الأول من القرن 17 مع يوسف داي (1610-1637) وأسطا مراد (1637- 1640 ) وأحمد خوجة (1640-1648) ويعزى ذلك الى ارتفاع مردود القرصنة البحرية الذي استفاد من الصعوبات التي واجهتها أروبا خلال حرب الثلاثين من سنة 1618- 1648 كما عاينت هذه المرحلة تباينا في المصالح بين حكام أوجاق الغرب الثلاثة واتصل ذلك بمسألة ضبط الحدود مما ساعد على تشكل المجال الترابي لكل إيالة .

العهد المرادي
انطلق من حكم وراثي اتصلت تجربته السلالية بملوك من أصول كورسيكية نسبة الى جزيرة كورسيكا ويدعى المؤسس مراد كورسو امتلكه رمضان باي ( 1598 - 1613 ) وهو أول من تولى قيادة المحلة ذلك الجهاز الجبائي والعسكري الموروث عن الحفصيين يجمع ضرائب مفروضة على دواخل البلاد وقد تمكن كورسو من قيادة المحلة خلال عشرينات القرن السابع عشر وقام بتوريثها لابنه الوحيد محمد بن مراد باي المعروف بحمودة مكتفيا بمنصب الباشا الذي جد في طلبه من الباب العالي وتحصل عليه سنة 1631.
سلك المراديون سياسة ملكية أعادت الحياة للتقاليد السياسية الحفصية فقد توارثوا خطة قيادة المحلة واعتمدوا على مداخيل الجباية وانفتحوا على رؤساء التجمعات الداخلية ومتنوا روابطهم المصلحية بهم وتحالفوا مع عدة قبائل ذات تقاليد عريقة في الخدمة المخزنية مثل قبيلة دريد وذلك لاخضاع القبائل الخارجة عن سلطة الدولة وبذلك تراجعت سلطة الدايات لتقوم سلطة البايات المراديين .
شهد النظام المرادي خلال الربع الأخير من القرن 17 أزمة حادة تضافرت على تعميقها عدة عوامل اقتصادية واجتماعية نذكر من بينها تراجع المبادلات وتدني الانتاج وظهور المجاعات والأوبئة من 1676 - 1689 واندلاع الصراعات الداخلية التي أججها تنافس الأخوين محمد وعلي إبني مراد الثاني للإنفراد بالحكم وقد تسببت تلك الأزمة الحادة في أعلى هرم السلطة في تدخل "أوجاق الغرابة " أي الفيالق العسكرية الخاصة بإيالة الجزائر ويتعلق الأمر بإنكشارية الجزائر وقسنطينة أساسا . في ثلاث مناسبات وذلك خلال أقل من عقدين من الزمن في سنوات 1686-1694و 1705 واستفحلت الفوضى نتيجة لسياسة الباي مراد الثالث (1699 - 1702 ) المزاجية والدموية وقد إستغل أغا الصبايحية داخل الوجق إبراهيم الشريف تلك الفرصة لإزاحة جميع أفراد البيت المرادي وإعادة الحكم بعد استئصالهم بيد ممثلي الوجق التركي .

الحسينون: سلالة من البايات حكمت في تونس سنوات 1705-1957 م.مقرها تونس (قصر باردو).

كان مؤسس السلالة الحسين بن علي تركي(1705 - 1735 م) الذي ينتسب والده الى مدينة كنديا بجزيرة كريت اليونانية استقر والده سنة 1669 م وانخرط في الخدمة بالجيش الانكشاري متزوجا من امرأتين تنتسبان الى فصيلة بدويتين محليتين هما بني شنوف وشارن فكان ابناه حسين ومحمد كورغليان محسوبان على الأتراك وقد دخل حسين بن علي خدمة البلاط المرادي صغيرا وتقلد عدة مناصب كخزنة دار أغا الصبايحية وقايد الاعراض كاهية للباي ثم قائدا على فرقة الخيالة في الجيش العثماني. بعد اضطراب الأوضاع السياسية في تونس، استولى على الحكم على حساب المراديين بعد مقاومة أتراك الجزائر بعد وقوع الباي ابراهيم الشريف في أسر عسكرهم أخذ يستقل بالأمر حتى أصبحت دولته كيانا قائما بذاته (على حساب الأتراك العثمانيين) . هذا وقد نجح في توطيد حكم السلالة الجديدة باحداث توازن سياسي واداري بين مختلف العناصر الفاعلة في البلاد من كورغليين وأعيان وأتراك الذين أشركهم في الاستفادة من مخزنه في استغلال خيرات البلاد عن طريق اللزم والوكالات والوظائف والمناصب السامية غير أن تطويره لسياسة الاتجار مع البلدان الأروبية خلال عقد المعاهدات مع فرنسا (1710 - 1728 ) وانجلترا سنة 1716 واسبانيا سنة 1720 والنمسا سنة 1725 وهولندا سنة 1728 قد دفعه الى ممارسة سياسة " المشترى" المتمثلة في الحصول عل جانب من المنتوج الزراعي باسعار متدنية وذلك قصد الاستفادة من بيعه الى التجار الأجانب وهو ما آثار غضب سكان البوادي وجعلهم يقفون في صف ابن أخيه علي باشا بمجرد قيامه ضده بعد أن تراجع عن تعيينه وليا للعهد لفائدة ابنه محمد الرشيد .
أدت الحروب العائلية التي عرفتها دولة الحسينيين في تونس من 1728 الى 1756 في عهد (ابن أخ المؤسس) علي باشا (1735-1756 م) إلى غزو البلاد سنة 1756 م، ثم قيام وصاية على تونس من طرف حكام الجزائر (دايات الجزائر).حيث ثار ولي العهد المخلوع وهو باي الأمحال ضد عمه والتجأ الى جبل وسلات مع حلول شهر فيفري سنة 1728 وانقسمت البلاد الى شقين متنازعين الأول حسيني مع الباي حسين بن علي وقسم باشي مع ابن أخيه وترتبط الأحداث بعدة أسباب منها التركيبة المجزئة للمجتمع وتقاليده القبلية المتواصلة وتأثر الجهاز السياسي للدولة بهذا الواقع المحلي تبعا لمحدودية تجذره مع سياسة الباي حسين الاستغلالية التي أخطأت في تقييم غضب سكان المناطق الداخلية ولم يتوصل علي باشا الى إزاحة عمه الا بمساعدة الأتراك دايات الجزائر مقابل دفعه غرامة مالية هامة كما ان انفراده بالسلطة لم بخل من القهر كما اعتمد نفس الأساليب التي أضعفت سلفه لذلم استغل أبناء حسين بن علي محمد الرشيد وعلي باي خروج ابن الباشا علي يونس عن طوع والده سنة 1751 لاستعادة الحكم بدعم من عسكر الجزائر .
خلفت الحرب الأهلية عدة نتائج خاصة منها عودة الانقسام وتعدد تدخل الأجانب من أتراك الجزائر سنوات 1705 -1735 -1746 - 1756 اتسم بفضاعته الشديدة ارتبط به مصير حكام البلاد بمصير محكوميهم واختلافهم عن أجوارهم الجزائريين
استعادت الدولة عافيتها أثناء عهد علي باي بن حسين (1759-1782 م) ثم حمودة باشا بن حسين بن علي (1782 - 1814 م)، سميت هذه الفترة بالفترة الذهبية . اكتمل استقلال تونس سنة 1807 م وأصبحت دولة كاملة السيادة. بدأت في نفس الفترة عملية تعريب البلاد، من خلال إحياء الثقافة، كما تم إدخال نظام تعليمي أشرفت عليه الدولة. بعد أن قامت فرنسا باحتلال الجزائر سنة 1830 م، أصبحت تونس تحت رحمة القوى الأوروبية، كما أصبح اقتصادها مرتبطا بها أكثر. حاول أحمد باي (1837-1855 م) ثم محمد الصادق بن حسين (1859-1882 م) القيام بإصلاحات على الطريقة الأوروبية.